W dniu 13 czerwca 1898 r. na mocy Yukon Territory Act utworzony został Jukon jako odrębne terytorium Kanady a jego stolica mieściła się w Dawson City. Samorząd terytorialny składał się z mianowanego przez federację komisarza i mianowanej rady składającej się z nie więcej niż sześciu członków.
Jukon (wraz z Alaską) jest najstarszą stale zamieszkałą częścią Ameryki Północnej, a pierwsi ludzie migrowali przez most lądowy Cieśniny Beringa co najmniej 10 000 lat temu.
W 1896 roku odkryto złoto w dopływie rzeki Klondike . Wkrótce po tym, dziesiątki tysięcy ludzi (głównie Amerykanów) ścigało się na północ w Klondike Gold Rush.
Gorączka złota wygasła na początku XX wieku i wielu nowych osadników opuściło Jukon. Głośne życie handlowe Dawson City upadło, pozostawiając znacznie zredukowane miasto niemal-widmo. W 1953 stolicę przeniesiono do Whitehorse.
Terytorium Jukon zostało oddzielone od Terytoriów Północno-Zachodnich w 1898 r. Ostatnim i najnowszym utworzonym terytorium był Nunavut, który do 1999 roku był również częścią Terytoriów Północno-Zachodnich.
